전승에 따르면 1788년 금강산에서 수도한 원담 스님이 창건하여 신원사라 하였다 한다. 1940년 默照 스님이라는 분이 보광사 옛이름인 신원사 강원에서 후학을 지도했다는 내용이 충담 스님(1998년 감로사에서 열반)의 행장에 기록되어 있다. 그러나 6.25사변으로 소실되고 法燈만 이어왔다고 한다.
이후 正日 스님은 1979년 포교의 원을 세우고 폐허가 된 이곳에 주석하면서 중창 불사를 시작하였다.
먼저 1980년 11월 보광사로 개명하고, 1985년 관음전과 요사 신축, 1990년에는 서울 도심의 유일한 比丘 수행처인 보광선원 신축, 1993년에는 大雄殿, 2002년에는 說法殿을 신축하여 오늘에 이르고 있다. 이러한 중창 불사를 통하여 보광사는 교계 내외에 參禪修行 道場 및 淸淨遷度 道場으로의 면모로 정착하게 되었다. 이에 더하여 2015 년에 석불지장존상을 모셨으며 지장천도 도량으로의 정립을 노력하고 있다.
